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方法编辑器中新增了一个过滤功能，Real-Time QC，用户可设定鉴定肽段数的上限或下限。数据采集过程中，进行实时检索，若结果未满足设定标准，Xcalibur序列将自动暂停，以便用户检查可能的原因，避免浪费剩下的样品。

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自适应保留时间功能可根据采集的参考谱图文件对被分析物的保留时间进行自动调节，可减少缺失值，且缩小靶标定量分析的保留时间窗口，有效提高分析通量。可用于PRM定量或者SQUAD及hybridDIA方法。

另外，AdaptiveRT的加入可更好地实现在一套系统中完成从发现到靶标分析的完整流程。

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HybridDIA 方法在同一针进样中结合非靶标的DIA分析和基于靶标的tMS2分析，可同时进行发现型的DIA和靶标定量，适用于在非靶标分析的同时重点关注特定的靶标对象。

在Ascend仪器中，因为同时有orbitrap和离子阱质量分析器，可更好地实现并行分析，使用Orbitrap进行 DIA扫描并使用离子阱进行靶向的MS2扫描，在不损失DIA深度覆盖性能的同时实现特定靶标的高灵敏度高通量定量。

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RTS SPS MS3方法在TMT实验中可显著提高定量准确性，新增的信噪比阈值过滤可进一步提高定量可信度。

当启用实时检索（RTS），在TMT SPS MS3模式下开启Closeout功能时，界面将显示新增的"MS3信噪比阈值"选项，可进行自定义。通过实时搜索鉴定的MS2谱图若生成质量较差的MS3谱图，将不再计入对应蛋白质的定量数值，更有助于提高定量准确性。

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实时库搜索（RTLS）可实现数据库中相似化合物的智能采集。小分子分析模式下，新增的Modified Cosine Similarity在对比实验谱图与库谱图时，会同时考虑母离子之间的质量偏差，并据此对碎片离子的质荷比进行校正，从而更精确地计算相似性。

使用更新后的RTLS，无需人工干预，通过库搜索可自动发现结构相关化合物。且由于匹配得分更高，能在未知样品中发现更多可匹配的化合物。

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ETD碎裂在多种不同的研究领域都有重要应用，包括糖基化修饰、二硫键、从头测序、top-down，middle-down分析等等。其中，ETD反应时间是一个非常重要的参数，影响碎裂效率、整体的循环时间等。

更新之后，离子阱中的ETD反应时间缩短，更接近离子注入时间，可实现更优的并行化效率。

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在氢氘交换质谱分析中，ETD方法能够显著提升分辨率，可从肽段水平精确至单个氨基酸残基水平，这对于表位分析等需要精确定位结合位点的应用尤为重要。

其中，最小化 scrambling 至关重要。新增的 HDX 校正功能可一键设置后自动调节仪器参数，实现更温和的离子传输，降低 HDX-ETD 实验中的氢氘 scrambling，获得更精准的相互作用位点定位。

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目前的寡核苷酸分析中面临多重挑战：

● 谱图复杂度高

● 存在大量同质异位碎片离子

● 产生难以解析的内部碎片

新增的寡核苷酸模式中，采用低 Mathieu q值CID技术，并对其进行校正，可有效降低二级谱图的复杂程度，提高寡核苷酸分析的序列覆盖度。用户可通过调用寡核苷酸表征的方法模版进行操作，简便易用。