如何判断RNA模板是否降解?

结合 qPCR 实验场景，分享实操性强、分梯度的 RNA 降解判断方法，从快速筛查到鉴定，附结果解读和对应处理方式。

一、快速初筛（实验室常规手段，优先做）

1. 紫外分光光度法（Nanodrop / 普通分光光度计）

侧重纯度 + 间接判断完整性

正常参考：\(OD_{260}/OD_{280} = \boldsymbol{1.8\sim2.1}\)

比值＜1.8：蛋白、多糖污染，这类杂质常伴随 RNA 降解；

比值＞2.2：提示 RNA 已发生明显降解（核糖核酸断裂，游离核苷酸增多）。

补充：\(OD_{260}/OD_{230}＜2.0\)，说明酚、盐、多糖等抑制物残留，也会间接加剧降解、影响后续扩增。

注意：该方法只能辅助，比值异常不代表一定降解，比值正常也不代表 RNA 完整。

2. 琼脂糖凝胶电泳（最经典，肉眼直观判断）

适用于总 RNA（细胞、组织样本主流检测方式），配1% 非变性琼脂糖凝胶，上样 500~1000 ng RNA，电泳后紫外成像观察条带：

真核生物完整总 RNA 特征

清晰出现 28S rRNA、18S rRNA 两条主带，5S rRNA 条带较浅。

理想状态：28S 条带亮度 ≈ 2 倍 18S 条带，条带边缘锐利、无弥散拖尾。

降解判定标准

轻度降解：28S 条带变弱、28S/18S 亮度比＜1，条带轻微弥散；

中度 / 重度降解：28S 条带基本消失，整体泳道呈雾状、拖尾、弥散状，无清晰主条带；

严重降解：仅见底部小分子碎片亮带，大分子 RNA 完全断裂。

提示：mRNA 本身是弥散状，电泳主要看 rRNA 条带判断整体完整性。

二、定量检测（高标准实验 / 溯源用）

1. 毛细管电泳（Agilent 2100 生物分析仪）

行业准，可输出RIN 值（RNA 完整数），量化降解程度：

RIN 9.0~10.0：RNA完整，适合 qPCR、转录组等所有实验；

RIN 7.0~8.9：轻微降解，常规 qPCR 可使用，高精度实验不建议；

RIN ＜7.0：明显降解，不建议用于 qPCR，内参 / 目的基因 Ct 会普遍偏高、数据重复性差。

2. 结合 qPCR 结果反向验证（你的实验场景专属判断）

不用额外检测设备，利用现有实验数据综合判定：

同批次所有样本内参 Ct 整体偏高（＞26），阴性对照、试剂、程序均无问题；

样本重复孔 Ct 波动极大；

同时满足：-RT 对照无明显扩增（排除 gDNA 污染）、NTC 正常（排除引物二聚体）；

→ 基本可判定：RNA 发生降解。

三、特殊样本补充判断

微量样本 / 外泌体 / 体液 RNA：浓度低，电泳无明显条带，优先用 Nanodrop+RIN 值判定，结合 qPCR 扩增表现综合判断；

原核生物 RNA：无 28S/18S 条带，仅看电泳整体是否弥散、结合 OD 比值和 qPCR 结果判断。

四、常见误区 & 补救建议

误区：\(OD_{260}/OD_{280}\) 在 1.8~2.1 之间 = RNA 一定完整

纠正：部分降解的 RNA 仍可维持正常吸光比值，必须结合电泳 / RIN 值。

已降解 RNA 处理：

轻度降解：可尝试增加 cDNA 上样量，仅做初步预实验；

中重度降解：直接重新提取 RNA，不建议继续用于正式 qPCR 实验。

预防：提取后立即分装，-80 ℃保存，杜绝反复冻融；全程使用无 RNase 耗材。

原创作者：上海笃玛生物科技有限公司