英文名称：JOE phosphoramidite,6-isomer

中文名称：JOE磷酰胺,纯6-异构体

分子式：C48H60N3Cl2O12P

分子量：972.88

Purity：95%+

Appearance：solid/powder

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结构式：

产品介绍：

JOE phosphoramidite, 6-isomer，中文名JOE磷酰胺（纯6-异构体），分子式C₄₈H₆₀Cl₂N₃O₁₂P，分子量972.88，纯度≥95%。它是一种专为自动化寡核苷酸固相合成设计的荧光标记亚磷酰胺单体，核心由6-位异构体的JOE荧光团与亚磷酰胺反应基团构成。其本质是一个已完成化学修饰、可直接上机合成的JOE荧光标记单体。

JOE本身是6-Carboxyfluorescein（6-羧基荧光素）的衍生物，也称6-Carboxy-2',7'-dichlorofluorescein（5-羧基乙基-2',7'-二氯荧光素）。该荧光团激发波长约505–533 nm，发射波长约525–555 nm，呈现明亮的黄绿色荧光，量子产率可达0.61，光稳定性优于普通荧光素。

6-异构体的意义

JOE在合成过程中会产生两种主要异构体：5-异构体和6-异构体。二者化学结构极为相似，但荧光性能和偶联效率存在差异。6-异构体经纯化后具有更高的荧光强度和更稳定的化学性质，是现代DNA合成中使用的标准品。供应商特别标注"6-isomer"，正是为了保证标记产物的性能一致性，避免混合异构体带来的荧光信号波动或光谱偏移。

核心结构

该试剂由三部分构成：

荧光素衍生物基团：含两个氯原子和两个甲氧基的苯并呋喃-异氰基苯环系统。氯原子的引入使发射光谱较FAM红移至548–554 nm，有效减少多重检测中与FAM、TAMRA、ROX等染料的光谱重叠干扰。

6-位异构体设计：羧基官能团定位于分子第6位，通过空间位阻优化提高化学偶联效率，同时保证荧光信号的稳定输出。

亚磷酰胺保护基团：符合固相核酸合成的标准反应要求，可与寡核苷酸链的5'-羟基发生偶联反应，形成磷酸三酯键，将JOE荧光团高效引入核酸链的特定位置（通常为5'末端）。分子中通常包含柔性碳链间隔臂（Linker），减少对核酸杂交动力学的影响，防止染料分子间的自猝灭。

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（文章资料汇总来源于：陕西新研博美生物科技小编木木）