注意事项
操作者
生物安全柜如果使用不当，其防护作用就可能大大受到影响。
紫外灯
生物安全柜中不需要紫外灯。如果使用紫外灯的话，应该每周进行清洁，以除去可能影响其杀菌效果的灰尘和污垢。
明火
在生物安全柜内所形成的几乎没有微生物的环境中，应避免使用明火。
溢出
实验室中要张贴如何处理溢出物的实验室操作规则，每一位使用实验室的成员都要阅读并理解这些规程。
认证
在安装时以及每隔一定时间以后，应由有资质的人员按照生产商的说明对每一台生物安全柜的运行性能以及完整性进行认证，以检查其是否符合国家及国际的性能标准。
清洁消毒
由于剩余的培养基可能会使微生物生长繁殖，因此在实验结束时，包括仪器设备在内的生物安全柜里的所有物品都应清除表面污染，并移出安全柜。
清除污染
生物安全柜在移动以及更换过滤器之，必须清除污染。
个体防护
在使用生物安全柜时应穿着个体防护服。
警报器
可以在两种警报器中选择一种来装备生物安全柜。
安全水平
被分类为生物安全水平一和二的微生物试验品或产品不会产生气溶胶，因此在开放的实验台面上开展工作；而对于一些可能涉及或者产生有害生物物质的操作过程都应该在生物安全柜内进行，在这些条件下使用二的生物安全柜。二生物安全水平的试验品或产品是可以通过液体传播，所以操作人员必须对于污染的锐器要特别注意。客户在选购安全柜时，也因注意确保没有突出的锐角，在使用时也需要每天清理工作台面。
在三生物安全水平的生物实验室中，所有与传染源操作有关的步骤，都在二或者三生物安全柜中进行，并由穿戴合适防护服的实验人员进行；对于四生物安全水平，所有工作应限制在三生物安全柜中；假若在二生物安全柜中进行，必须使用装备生命支持系统的一体正压防护服。值得特别注意的是，当出现新型不明微生物时，也必须在四生物安全防护实验室中进行。待有充分数据后再决定此种微生物或毒素应在四还是在较低别的实验室中处理。
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