企业档案
会员类型：旗舰版
已获得阿仪网信誉 等级评定
(0 -40)基础信誉积累，可浏览访问
(41-90)良好信誉积累，可接洽商谈
(91+ )优质信誉积累，可持续信赖
阿仪网旗舰版会员：9年
工商认证 【已认证】
最后认证时间：
注册号： 【已认证】
法人代表： 【已认证】
参观次数：7957985
手机网站：http://wap.app17.com/c137908/
旗舰版网址：http://www.yajiml.com
技术文章
经费少、时间紧还想做性状定位，怎么办？
点击次数：3527 发布时间：2021/7/1 9:20:32
| 提到性状定位，我们通常会想到大群体、复杂算法、耗资巨大，例如全基因组关联分析。向大家介绍的 BSA 则不同，这种方法不仅材料容易准备、算法原理清晰明了，更重要的是不需要花费高额经费，十分适合性状初定位。
BSA 混池分组分析法简介
BSA 适用群体
BSA 采用的是家系群体，常用的家系群体有 F2、BC（n）、RIL、DH 等等。对于家系群体的构建，亲本选择建议：同一物种提下，目标性状尽可能差异大的两个个体。
BSA 原理及分析逻辑
测序拿到原始数据后，可通过质控、与参考基因组比对、SNP calling 等步骤得到各样本 SNP 标记分型信息。对于重测序而言，无论是 BSA 还是其他性状定位方法，SNP 分型信息是后续分析的基础。 
家系群体构建时我们知道，先选择在目标性状上差异明显的个体为亲本，表型有差异，跟表型相关的 SNP 标记就一定有差异。在亲本之间无差异的SNP可以先筛掉，剩余的亲本间纯合且差异的这部分再借助子代混池进一步聚焦。
Step 2. 子代混池筛选SNP标记并获得候选区间 标记与性状进行关联是性状定位核心的部分，对于 BSA 而言，有两种关联方法，一种是 ΔSNP-Index，一种是欧式距离（Euclidean distance, ED）。
ΔSNP-Index SNP-Index可以理解成突变位点遗传物质来源于某一个亲本的频率，对于混池的某一个位点来说，SNP-Index即为该位点与某亲本序列相同的reads占总reads的比例。而Δ SNP-Index即为2个混池之间SNP-Index的差值。滑窗方式计算各区域的Δ SNP-Index，通过置信区间的设置可以判断区域是否与目的性状存在关联。 
欧式距离（Euclidean distance, ED） 欧式距离计算将混池中每一个位点的突变信息抽象成坐标上的一个点，并计算混池之间每个相同位点之间的欧氏距离： ED2=(A1-A2)2+(T1-T2)2+(C1-C2)2+(G1-G2)2 An、Tn、Cn、Gn 分别指 ATCG 四种碱基在混池 n 中的频率 取所有位点拟合值的 median+3SD 作为分析的关联阈值，根据关联阈值判定候选区间。 
Step 3. 区间内候选基因注释及功能富集 筛选 SNP 位点不是目的，关于结果，候选区域更具有生物学意义。确定候选区间后，注释区间内所包含的基因，并对候选基因集做 KEGG、GO 富集分析。
BSA方案设计
端混池的样本数量越多，混池测序深度越高，定位结果精度越高，但同时项目费用也会越高。有学者借助模式植物拟南芥门针对子代混池样本数和测序深度对定位结果的影响进行了研究。结果发现，当混池样本数量达到 20 个，同时测试深度在 20X 以上的情况下，能够得到相对理想的定位结果。超过这个数量，随着成本消耗的增加，定位精度的提升效果有限。综合考虑，通常推荐方案如下： 
注：推荐方案不能适用于所有项目，具体方案要根据项目具体情况而定
BSA 结果展示
 < BSA-demo报告 >
BSA 常见问题 Q1：没有参考基因组的物种可以做 BSA 吗？ BSA 性状定位的方法适用于有参考基因组的物种。参考基因组组装质量好坏以及注释是否对 BSA 结果有一定的影响。建议尽量选择组装至染色体水平，且基因组注释较的参考基因组。
Q2：混池样本如何选择，一定要到 20 个吗？ 混池的样本数通常选取端性状（群体总样本数的 5～10% 内）的个体进行混池。混池中若端性状个体数太少，可能造成样品数不够，不具备代表性；若样本数过高可能会引入杂合个体，产生干扰。需要根据群体的实际情况，先表型足够端，其次考虑样本数量。不一定必须到 20。例如，某兔子毛色性状定位研究，通过两亲本杂交、F1 个体混交，得到 35 只 F2 个体，将端表型控制在 20% 以内，分别选择 5 只、6 只进行混合，测序深度各为 10X，也得到了较为理想的定位结果。
Q3：影响定位结果的因素？ 评估定位结果主要参考候选区域大小和候选基因个数，影响它们的因素包括但不限于两亲本材料的差异大小、家系群体大小及性状分离情况、子代混池个数、亲本及子代混池测序深度、参考基因组水平、目标性状特点等。
Q4：子代混池构建是先提取在混合还是先混合再提取？ 先提 DNA 再等量混合，可以减少系统误差，近年发表的多数文献都是先提 DNA 再等量混合。
Q5：BSA性状定位是否可以采用简化基因组测序？ 简化基因组捕获的基因组区域有限，一般仅能捕获 3%～30%，如果变异的区域正好没有捕获到就不能找到目标性状的基因了。因此用简化基因组的风险很大，不建议做简化基因组的BSA性状定位。
当然要做性状定位研究，除了 BSA，还有遗传连锁图谱、全基因组关联分析等经典方案，有任何疑问可联系技术家为您免费答疑解惑哦。  |
原创作者：上海雅吉生物科技有限公司
