一．开机程序
1． 检查稳压器电源，打开电源，稳定 5 分钟。
2． 打开储液箱，倒掉废液, 并在废液桶中加入 400ml 漂白水原液。打开压力阀，取出鞘液桶，将鞘液桶加至 4/5 满（一般可用三蒸水，做分选必须用 PBS 或 FACSFlow），合上压力阀。确实盖紧桶盖，检查所有管路是否妥善安置。
3． 将 FACSCalibur 开关打开，此时仪器功能控制钮的显示应是STANDBY，预热 5－10 分钟。排出过滤器内的气泡。
4． 如果需要打印，打开打印机电源。
5． 打开电脑,等待屏幕显示出标准的苹果标志。
6． 执行仪器 PRIME 功能一次，以排除 Flow cell 中的气泡。
7． 分析样品时，先用 FACAFlow 或 PBS 进行 HIGH RUN 约 2 分钟。
注：做过分选后，每次开机后需冲洗管道：向分选装置上装上两个 50ml 离心管，不接通浓缩系统，摁下右下角白色按钮开始冲洗。待自动停止后接通浓缩装置，同上法冲洗一次。
二．预设获取模式文件(Acquisition Template Files)
1． 从苹果标志中选择 CELLQuest 见一个新视窗，可利用此视窗编辑一个获取模式文件。
2． 选取屏幕左列绘图工具中的 Dot plot，绘出一个或多个 Dot Plots。从 Dot Plot 对话框中选取 Acquisition 作为图形资料来源，并确定适当的 x 轴和 y 轴参数。
3． 选取屏幕左列绘图工具中的 Histogram，同上法可绘出 Histogram。
4． 将此视窗命名后储存于 FACStation G3\BD Applications \CELLQuestFolder \EXP 文件夹中，下次进行相同实验时可直接调用。
注：本计算机中已设定两个模式文件：ACQ 和 EXP，储存于 FACStation G3\BDApplications \CELLQuest \EXP 文件夹中，ACQ 用于细胞 DNA 检测，EXP用于细胞表面标志分析。
三．用 CELLQuest 进行仪器的设定和调整
1． 从苹果画面中选取 CELLQuest，进入 CELLQuest 后在 File 指令栏中打开合适的获取模式文件。
2． 从屏幕上方 Acquire 指令栏中，选取 Connect to Cytometer（快捷键：＋B）进行电脑和仪器的连机。将出现的 Acquisiton Control 对话框移至合适位置。
3． 从 Cytometer 指令栏中，开启 Detectors/Amps 、 Threshold 、Compensation、Status 等四个对话框，并将它们移至屏幕右方，以便获取数据时随时调整获取条件。也可以用 +1，2，3，4 获得此四个对话框。
4． 在 Detectors/Amps 对话框中，先为每个参数选择适当的倍增模式(amplifier mode)：线性模式 Lin 或对数模式 Log。一般进行细胞表面抗原分析如分析外周血的淋巴细胞亚群时，FSC 和 SSC 多以线性模式Lin 测量，且 DDM Param 选择 FL2，而 FL1, FL2 与 FL3 则以对数模式 Log 测量；分析细胞 DNA 含量时，FSC，SSC，FL1，FL2，FL3皆以 Lin 进行测量，且 DDM Param 选择 FL2；分析血小板表型时，FSC，SSC，FL1，FL2，FL3 等均以 Log 进行测量。
5． 放上待检测的样品，将流式细胞仪设定于 RUN，流速可在 HIGH 或 LOW 上。
6． 在 Acquisiton Control 对话框中，选取 Acquire，开始获取细胞。在以下的仪器调整过程中随时选取 Pause，Restart 以观察调整效果。未完全调整好之前不要去掉 SETUP 前的“ ”。
7． 在 Detectors/Amps 对话框中，调整 FSC 和 SSC 探测器中的信号倍增度：PMT voltages（粗调）与 Amp Gains（细调），使样品信号出现在FSC-SSC 点图内,且三群细胞合理分布。
8． 在 Threshold 对话框中选择适当的参数设定 Threshold，并调整Threshold 的高低，以减少噪音信号（细胞碎片）。一般做细胞表型时用 FSC－H 而做 DNA 时用 FL2－H。Threshold 并不影响检测器对信号的获取，但可改善画面质量。
9． 从屏幕左列绘图工具中选取 Region（区域），并在靶细胞周围设定区域线，即通常所说的门。圈定合适的细胞群可使仪器调整更为容易。
10．在 Detectors/Amps 对话框中，调整荧光检测器（FL1, FL2, FL3, FL4等）的倍增程度。根据所用的荧光阴性对照样品调整细胞群，使之分布在正确的区域内。
11．在 Compensation 对话框中，根据所用的调补偿用标准荧光样品调整双色（或多色）荧光染色所需的荧光补偿。比如应该为 FL1+ FL2- 的细胞群却分布在 FL1＋ FL2＋区域内，则需调大 FL2－？％FL1 中的“？”，并从 FL1-FL2 点图中观察新的调整是否恰当
12．在 Status 对话框中可见：Laser Power:正常值—Run/Ready 为14.7mW，Standby 为 5mW；Laser current:正常值为 6Amps 左右。
13．调整好的仪器设定可在 Instrument Settings 对话框中储存，下次进行相同实验时可调出使用，届时只需微调即可
注：本计算机中已有三个名叫储存于 FACStation G3 \BD Applications\CELLQuest Folder \IMM-InstrSettings 及 FACStation G3 \BD Files\Instrument Settings Files \CalibFile 和 Mast-Cell-Set 的参数文件，前二者可用于分析人白细胞，后者用于分析小鼠肥大细胞。
抗细胞色素P450ⅡE1IgG人前列腺素E1(PGE1)
抗细胞周期检测点激酶1IgG人前列腺素D合成酶(PTGDS)
抗细胞周期检测点激酶2IgG人前列腺素D合成酶(PGDS)
抗纤维母细胞表面抗原IgG人前列腺素D合成酶(PGDS)
抗纤维母细胞生长因子-13IgG人前列环素(PGI)
抗纤维细胞生长因子结合蛋白IgG人前病毒整合位点1(Pim1)
抗衔接因子蛋白含pH域磷酸酪氨酸结合域和亮氨酸拉链基元1IgG人前白蛋白(PA)
抗小凹蛋白IgG人普通急性淋巴白血病抗原(CALLA)
