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公司新闻
分享不明微生物基因组的标准
点击次数：1083发布时间：2018/5/14 9:54:59
DOE JGI微生物组计划负责人Tanja Woyke说：“单细胞基因组学已经成为宏基因组学补充研究的一种流行工具，从2007年首个来自环境细胞的单细胞基因组被公布在公共数据库上以后，它们就成为了具有数据质量波动的汇编程序集。宏基因组-组装基因组也面临着同样的挑战。”对想进行比较分析的研究人员来说，稳定的比较基因组学依赖于广泛而正确的元数据（metadata）。
研究人员提出了4类基因组质量：少于50%完成度且满足组装碎片最小复查和小于10%非靶序列污染的被归为低质量草稿；完成度至少达到50%且满足组装碎片最小复查和小于10%非靶序列污染的被归为中等质量草稿；完成度高于90%且含有23S、16S和5S rRNA基因以及至少18个tRNAs，污染小于5%的则被归为高质量草稿；单个连续序列之间没有间隔且每10万个碱基对错误少于1个的才能被归为完成级。
目前，研究组大概已经生成了Genomes OnLine Database (GOLD)中2800多个SAGs和4500多个MAGs的80%。
GOLD中许多SAGs将被归类为低质量或中等质量草稿。整理工作非常有价值，出于某些目的，研究人员可能更喜欢使用高质量或完成级数据集。单细胞和宏基因组数据集整体质量变化很大。虽然低质量草稿中的基因组信息支离破碎，但它们可能代表着生命树上某一新的分支，在很多研究人员看来有数据总比什么都没有好，这项分类标准的提出，将迫使科学家们向公共数据库提交资料之前就仔细考虑好基因组的质量。
Woyke和Bowers设想了SAGs和MAGs的最小元数据要求，作为测序数据的现有元数据标准（于2011年被基因组标准联盟开发实施的MIxS）的拓展。
基因组标准联盟（GSC）是一个开放式的会员工作机构，包括国家生物技术信息中心（NCBI）和欧洲生物信息学研究所（EBI）的相关代表。通过与数据提供者直接合作，GSC可指导大型数据提交者和数据库提交与MIxS标准一致的合规数据。
活化转录因子4IgG人一氧化氮合成酶(NOS)
活化转录因子6IgG人一氧化氮(NO)
活性氧簇ROSIgG人叶酸(FA)
活性依赖的神经保护肽IgG人氧化低密度脂蛋白(OxLDL)
肌红蛋白(肌细胞生成素)IgG人氧化低密度脂蛋白(OLAb)
肌红蛋白IgG人延伸蛋白A(EloA)
肌球蛋白磷酸酶IgG人烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADPH)
肌球蛋白轻链1/2IgG人循环免疫复合物(CIC)
肌球蛋白轻链3IgG人血血小板衍生生长因子可溶性受体α(PDGFsR-α)
肌球蛋白轻链9IgG人血血小板衍生生长因子AB(PDGF-AB)
