通常情况下，某一特定的实验中可能同时有几种二抗可供选择，如何能选择到最适合该实验的二抗，需要综合以下几个方面进行考虑：
一抗的物种来源
一抗是在什么物种来源的，相应的二抗也要是抗该物种的抗体。例如，如果一抗是在小鼠体内制备的，那么你就应当选择抗小鼠的二抗，如果一抗是在兔体内制备的，那么二抗就应当是抗兔的抗体。至于二抗本身是在什么动物中制备的对二抗的质量并无明显的影响。
一抗是属于哪个类或亚类
二抗需与一抗的类别或亚类相匹配。这通常是针对单克隆抗体而言。多克隆抗体主要是IgG类免疫球蛋白，因此相应的二抗就是抗IgG抗体。
单克隆抗体的类别及亚类通常会在产品列表中列出，如果你的一抗是小鼠IgM，那么相应的二抗就应当是抗小鼠IgM，或是抗小鼠IgG抗体。
如果单克隆一抗是小鼠IgG的某一亚类（IgG1，IgG2a，IgG2b，IgG3），那么几乎所有的抗小鼠IgG都可以与之结合，或者你也可以选择专门针对这一亚类的二抗，例如，如果你的一抗是小鼠IgG1，那么你可以选择抗IgG1的二抗，此种抗体在双标记实验中尤其适合。
如果你不知道一抗是哪一类别或亚类，那么抗小鼠IgG是一个不错的选择，因为此种抗体可以识别大多数类型的IgG免疫球蛋白。
二抗的特异性
下面总结了几种具有不同特异性的二抗：针对整个抗体分子（H＋L）具有特异性：如抗IgG(H+L)，此类抗体既可以与抗体的重链结合也可以与轻链结合，即与抗体分子的Fc，F(ab’)2/Fab部分（见图5）均可反应，抗IgG(H+L)也可以与其他免疫球蛋白家族反应（如IgM和IgA），因为所有的免疫球蛋白都具有相同的轻链（kappa链或lambda链）。
针对Fab片段具有特异性：这类抗体与重链轻链均可以结合，由于它们可以与轻链反应，它们同时也已和具有相同轻链的其他种类的免疫球蛋白反应。
这对Fc片段或重链具有特异性：这类抗体和重链的Fc部分反应，一次它们是类别特异性的（即gamma链特异性抗体只与IgG反应，mu链特异性抗体只识别IgM，依此类推）。
轻链（kappa，labmda）特异性：与所有类别的抗体反应，因为所有类别的抗体均具有相同的lambda链或kappa链。
经过吸附处理的二抗（cross-absorbed）：不同来源的免疫球蛋白含有相似的结构，抗一个物种的抗体可能与其他物种发生交叉反应，一次有些二抗经过了动物或人类IgG吸附处理，以减少非特异性背景。例如，如果是小鼠的组织或细胞，那么选择经小鼠血清或IgG吸附处理过的二抗可以减少非特异性结合。但是此种抗体识别表位的数量被大大减少。
二抗的形式
选择哪种形式的二抗，是整个IgG分子，F(ab’)2片段，还是Fab片段？
整个IgG分子：此种抗体适用于多数情况。
F(ab’)2片段：该种抗体是由两个靠二硫键连接的用于结合抗原的Fab片段组成，这些抗体用在特定的情况中，如需要避免抗体与具有Fc受体的细胞结合的情况。
Fab片段：它们只有一个结合位点，一般用来封闭内源性免疫球蛋白。
二抗的偶联标记
一般来讲，耦联到二抗上的探针主要有酶（辣根过氧化酶HRP和碱性磷酸酶AP或其衍生物APAAP，PAP），荧光基团（FITC, RRX, TR, PE）和生物素。选用哪种探针的二抗主要取决于具体的实验。对于western blot和ELISA，最常用的二抗是酶标二抗，而细胞或组织标记实验（细胞免疫化学，组织免疫化学，流式细胞术）中通常使用荧光基团标记的二抗，免疫组化中也可以使用辣根过氧化酶或碱性磷酸酶标记的二抗。如果想要更大程度的放大检测信号，可以使用biotin/avidin检测系统。
下面简单介绍几种二抗探针的优缺点及其适用的实验：
酶：主要有两种不同的酶耦联物，HRP和AP。比较而言，前者更经济、快速、稳定，而后者较前者更为灵敏，通常情况下，HRP广泛应用于免疫组化，western blot 和 ELISA 中，而碱性磷酸酶（AP）更适合于固相的免疫检测实验，如ELISA和western blot.
荧光基团：
1.FITC：FITC是广泛使用的荧光基团，但其最大的缺点是淬灭快，使用抗淬灭剂可以减轻。
2.AMCA：常用在多标记实验中，如免疫荧光、流式细胞术。其缺点是，淬灭快，且由于肉眼不能很好的检测其所激发的蓝色荧光，因而AMCA耦联的二抗更适用于检测大量存在的抗原。
3.花青染料（Cy2,Cy3,Cy5）：Cy2比FITC更稳定，且在表面荧光显微镜下，Cy2的荧光FITC更强。Cy3和Cy5比大多数荧光基团更亮，更稳定，背景更弱。二者常在共聚焦显微实验中作多标记。但Cy5的缺点是不能用表面荧光显微镜观察，因此通常用具有远红外检测器的共聚焦显微镜观察。
4.TRITC,RRX,TR:TRITC经常和FITC一起用于双标记实验中，也可以使用RRX或TR，但TR会产生较高的背景。在使用装有氪氢灯的激光共聚焦扫描显微镜作三标记实验时，RRX尤其有用，可以和Cy2（或FITC）及Cy5一起使用，因为RRX的发射波长在Cy2和Cy5中间，且和这两者的重叠很少。
5.PE：常和FITC一起用于流式细胞术双标记实验。
6.生物素：生物素（biotin）可以和抗生素蛋白（avidin）发生不可逆反应而紧密结合在一起。首先加入生物素标记的二抗，在加入耦联有酶或荧光集团的avidin、ExtrAvidin或streptavidin，后者能够结合于二抗表面的多个位点上，从而极大的放大检测信号。
