半胱氨酸蛋白酶 包括组织蛋白酶B、H、L等，一般存在于溶酶体，主要参与细胞吞噬和细胞内多余物质的清除和消化。近年来组织蛋白酶B（Cathepsin B，CB）的作用日受重视。正常组织中分离到的CB适PH为酸性，在中性或碱性条件下无活性，但肿瘤组织中CB却在中性或碱性时活性更高，这似乎更适宜于 恶性肿瘤的代谢紊乱。

CB能降解Ⅰ型胶原、LN、PG，并能活化间质胶原酶原和Ⅳ型胶原酶原，降解基质中的Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型胶原纤维。因而参与肿瘤的浸润转移。

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Smid L检测喉癌的癌组织和癌旁组织中的半胱氨酸蛋白酶及其抑制剂的浓度，结果发现癌组织中半胱氨酸蛋白酶及其抑制剂的浓度均明显高于癌旁组织中的浓度，表明它们可能参与肿瘤浸润的全过程。
半胱氨酸（cysteine）属于20种天然氨基酸之一，是一种含硫（与甲硫氨酸一样）的非必需氨基酸。动物体内可经由蛋氨酸和丝氨酸合成。有缓解修复放射线对的损伤作用。在内还有范围广泛的解毒作用，是丙烯腈及芳香族酸中毒的治疗用药。

半胱氨酸蛋白酶作为一类重要的蛋白酶家族,广泛参与植物的各种生理过程。许多研究表明在环境胁迫如 低温、干旱和盐胁迫条件下半胱氨酸蛋白酶mRNA会累积。而在植物某些涉及细胞程序化死亡的发育阶段中,半胱氨酸蛋白酶mRNA含量也会增加,这表明半胱氨酸蛋白酶与植物细胞程序化死亡有关 。
半胱氨酸蛋 白酶也存在于叶绿体和液泡中,可降解光合作用必需酶Rubisco(1,5-二磷酸核酮糖脱羧/加氧酶)的亚基,在遭 受水分胁迫而衰老的植物叶片中,半胱氨酸蛋白酶起着主要作用 。
此外,在植物的正常发育过程中,半胱氨酸 蛋白酶可动员贮存蛋白,实现氮素的再利用,以供种子萌发之需,而在植物特异组织的形成,如木质部分化和通气 组织形成等过程中也有半胱氨酸蛋白酶的参与。

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