蛋白分子量和浓缩胶浓度有什么关系？

浓缩胶的核心功能是堆积（stacking），依靠不连续胶体系的甘氨酸‑氯离子离子迁移差异，把上样孔里面所有不同分子量的蛋白压缩成一层很薄的样品层，再进入下方的分离胶开始分子筛分离。

正常情况下浓缩胶孔径本身很大，绝大多数蛋白不管分子大小，都可以自由穿过浓缩胶。所以绝大多数 WB 实验，浓缩胶固定 5%，并不随目标蛋白分子量改动。浓缩胶不承担分子筛分离任务，分子筛筛选只发生在分离胶。

但这不代表浓缩胶浓度完全没有影响，它的丙烯酰胺浓度改变之后孔径也会变化，只是影响的场景集中在极端分子量两端。

先说大分子蛋白（>120‑200 kDa）。
依旧维持 5% 浓缩胶就可以。5% 孔径足够大，大分子蛋白可以顺利迁移穿过浓缩胶，进入分离胶。不要人为降低浓缩胶浓度，调低之后浓缩胶孔径进一步变大，堆积压缩效果会变差，样品条带变宽、弥散。大分子最怕的不是卡在浓缩胶，而是后续分离胶孔径不够，迁移困难，所以重点调整分离胶，浓缩胶不用动。

再看小分子蛋白，尤其小于 15 kDa 的小蛋白。
5% 浓缩胶孔径偏大。小分子蛋白移动速度很快，堆积的时候容易发生穿透逃逸，还没完成充分堆积就提前扩散，条带容易变宽拖尾。这种时候可以适度提高浓缩胶浓度，调到 6%‑7%。孔径适当缩小，对小分子形成轻微的阻滞，延缓小分子跑速，让大小分子尽量同步完成堆积，得到更窄的起始样品层。
这里只是轻微阻滞，依然不是用来分离蛋白；分离还是交给下层高浓度分离胶。

还有一个极端，极低分子多肽＜10 kDa。普通 Tris‑甘氨酸体系本身就不合适，优先改用 Tris‑Tricine 电泳体系。Tris‑Tricine 的浓缩胶本身配方就不一样，常规会使用更高的浓缩胶浓度，专门抑制小分子提前跑丢。

总结几点：

普通分子量区间 15‑150 kDa，浓缩胶统一 5%，与蛋白分子量无关；分离胶才依据分子量选择。

大分子量蛋白，浓缩胶维持 5%，不要降低浓度，防止堆积失效条带弥散。

小分子蛋白（＜15 kDa）可适度上调浓缩胶至 6‑7%，改善堆积，减轻小分子提前扩散拖尾；不能指望靠浓缩胶实现分离。

＜10 kDa 多肽优先更换 Tris‑Tricine 整套体系，而不是单纯改动浓缩胶浓度。

补充误区：不要跟着目标蛋白分子量同步增减浓缩胶浓度。很多人会以为大蛋白就要用更低浓度浓缩胶，小蛋白用更高浓缩胶，这个思路只适用于小分子那一端；大分子端浓缩胶浓度固定即可，改动反而破坏堆积效应。堆积的好坏更取决于 pH 和离子成分，而不是孔径。

原创作者：上海笃玛生物科技有限公司