质谱中的假阳性和假阴性什么意思？

假阳性指样品中原本不存在目标物质，但质谱软件判定该物质存在，也就是无中生有。在蛋白组质谱中最常见的原因是二级碎片谱图发生错误匹配，把噪声峰误识别为肽段碎片离子，或是样品中的污染蛋白被错误匹配到目标数据库，同分异构体、母离子质荷比相近也会造成误判。数据库搜索时 FDR 设置过高，会直接提升假阳性的比例，蛋白组常规会使用 1% FDR 来限制假阳性。

假阴性则是样品里确实含有目标物质，但质谱没有检出，最终判定为不存在，也就是有却没抓到。产生假阴性的原因很多，低丰度肽段信号低于仪器检出限，在 DDA 模式下很容易没有机会被选择碎裂；部分肽段本身难以电离，或是色谱分离阶段发生损失；基质带来的离子抑制效应，会压制目标物的离子信号；质谱本身存在动态范围局限，高丰度肽段会优先被采集，挤占低丰度物质的检测机会。另外数据库缺少对应的序列信息、样品前处理过程中目标物降解或者丢失，也会造成假阴性。

FDR 主要用于管控假阳性，它无法消除假阴性。如果人为进一步压低 FDR 阈值，虽然假阳性变少，但会把很多低置信度的真实谱图过滤掉，反而会增加假阴性，相当于在两者之间做权衡。

简单举个例子，样品真实含有蛋白 A，不含蛋白 B。质谱成功检出蛋白 A，属于真阳性；质谱检出了本不存在的蛋白 B，就是假阳性；样品里明明存在蛋白 A，但质谱没有检测到，就是假阴性。

原创作者：上海笃玛生物科技有限公司