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FFPE样本NGS应用 | 赋能肿瘤医疗，挖掘“珍贵样本”价值
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还在为临床珍贵FFPE样本提取质量差
无法测序分析而困扰吗
还在担心特殊组织部位是否有相关提取经验吗
在肿瘤医疗的浪潮中，福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本如同一座座“生物信息宝库”，承载着关键的分子诊断价值。随着NGS技术的飞速发展，FFPE样本在肿瘤医疗中的应用价值被进一步挖掘，为肿瘤的诊断、治疗靶点筛选以及预后评估提供了有力支持。
随着二代测序技术（NGS）的快速发展，FFPE样本除了用于组织形态观察外，更多的开始在分子层面进行研究。目前，大部分保存的肿瘤组织为FFPE样本，通过NGS技术对这些FFPE样本进行分子水平的研究，为建立新的肿瘤分类、诊断和预后标准，开发肿瘤早筛以及个体化医疗技术提供了有力依据。
但是，由于福尔马林的固定容易使FFPE样本中的核酸发生不同程度的降解和分子间交联。此外，石蜡的高温渗透以及样本的长时间保存也会对样本中的核酸产生影响，导致从FFPE样本提取的DNA含量低、质量差。如何克服FFPE样本DNA提取和建库困难，充分挖掘FFPE中的有效核酸序列信息，已成为当前肿瘤研究领域亟待解决的问题。
FFPE样本需要行脱蜡处理才能提取DNA，常用的脱蜡试剂是二甲苯，但二甲苯容易造成核酸片段化，且对人体有毒害作用。同时，FFPE样本中DNA分子与其它生物大分子（蛋白质、RNA）交联在一起，需要解除交联才能有效释放出DNA。
凡知医学推出磁珠法FFPE样本提取试剂盒，兼具环保无毒、简单快速、高产高质等特点，可为实验人员提供更加安全的操作流程。同时，该试剂盒提供了优化的解交联步骤，采用特殊表面处理的纳米级超顺磁性微球可特异性吸附DNA/RNA，污染低，完整性好，从而获得高质量的DNA/RNA。
组织石蜡切片DNA提取试剂盒（磁珠法）
组织石蜡切片RNA提取试剂盒（磁珠法）
dsDNA定量检测是NGS测序的前期准备工作之一，准确的dsDNA定量可以保证NGS测序的顺利进行和结果的可靠性。实验室对核酸定量的方式主要有紫外分光光度法和Qubit染料法。而紫外分光光度法测量不具特定的选择性，无法针对双链DNA、单链DNA以及RNA进行区分，同时一些游离核苷酸或多余的盐离子也会影响检测的数值。而Qubit定量更适合低浓度的珍贵样品或需要精确定量的下游实验，如二代测序、荧光定量PCR等。
FireQubit dsDNA高灵敏检测试剂是一种简便快速、灵敏、准确度高的双链DNA(dsDNA) 荧光定量检测试剂盒。本试剂盒包含荧光检测试剂和标准品，对dsDNA有高度选择性，RNA干扰小，对于dsDNA样本在0.1-100ng之间有良好的线性关系，相比于传统的紫外检测(A260)方法，可更精确地对DNA进行定量，免除其它物质的干扰，可准确测定dsDNA浓度，提高实验的准确性。
NGS建库是高通量测序技术的关键步骤，通过将DNA或RNA样本转化为适合测序仪读取的文库，为大规模、高通量的基因组测序和转录组测序提供了可能。由于FFPE样本提取的DNA质量差，分析中会产生较多问题，例如，reads比对率低、高PCR Duplication rate、文库丰度低、高假阳性率等。
原创作者：北京凡知医学科技有限公司
