科学家们一直在研究利用蛋白序列计算它的结构的方法

Söding解释道，直到最近，生物学家们利用同源建模预测他们喜欢的蛋白的结构－－-“那就是你有一种与你感兴趣的蛋白存在同源关系的模板蛋白，而且利用这种同源性，你基本上能够复制这种结构，并让它适应这种新的序列。”但是，他说，利用这种新的方法，“即便你没有模板蛋白的话，你也能够构建出[准确的]模型”。

 

领导这项新研究和开发出蛋白结构预测软件Rosetta的美国华盛顿大学研究员David Baker说，自从发现氨基酸序列决定着蛋白折叠方式以来，科学家们一直在研究利用蛋白序列计算它的结构的方法。

 

Baker说，已知蛋白折叠成它们最低的能量状态，但是经常存在如此多可能的低能量构象，特别是对大分子蛋白而言，毕竟构象本身很少会提供有价值的信息。他补充道，利用实验确定的蛋白结构数据能够提高Rosetta的计算准确性，“但是几年前，我们和其他人已意识到如果你拥有来自一个大的蛋白家族的足够多序列，那么你可能能够基于它们在进化期间的共同变异（covariation），鉴定出在三维结构中进行接触的氨基酸残基对。”

简而言之，如果两个氨基酸在一个蛋白内相互作用，那么它们可能一起进化。比如，如果它们的电荷是相反的，一种突变改变一个氨基酸的电荷，那么另一个氨基酸可能也会发生改变。对来自多种物种的给定蛋白进行序列比较能够鉴定出这些共同进化的－－-因此相互作用的－－-氨基酸残基。