实验方法原理
以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法，是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。
其原理是：当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质X的抗体免疫沉淀X，那么与X在体内结合的蛋白质Y也能沉淀下来。目前多用精制的prorein A预先结合固化在argarose的beads上，使之与含有抗原的溶液及抗体反应后，beads上的prorein A就能吸附抗原达到精制的目的。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合；也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。
实验材料蛋白质
试剂、试剂盒RIPA BufferPBSProtein A agarose琼脂糖考马斯亮蓝染色液
实验步骤
一、试剂准备
1. 预冷PBS，RIPA Buffer，细胞刮子（用保鲜膜包好后，埋冰下），离心机。
2. 用预冷的PBS洗涤细胞两次，*后一次吸干PBS。
3. 加入预冷的RIPA Buffer(1 ml/107个细胞、10 cm培养皿或150 cm2培养瓶，0.5 ml/5x106个细胞、6 cm培养皿、75 cm2培养瓶）。
4. 用预冷的细胞刮子将细胞从培养皿或培养瓶上刮下，把悬液转到1.5EP管中，4℃，缓慢晃动15 min（EP管插冰上，置水平摇床上）。
5. 4℃，14000 g离心15 min，立即将上清转移到一个新的离心管中。
6. 准备Protein A agarose，用PBS 洗两遍珠子，然后用PBS配制成50%浓度，建议减掉枪尖部分，避免在涉及琼脂糖珠的操作中破坏琼脂糖珠。
7. 每1 ml总蛋白中加入100 ul Protein A琼脂糖珠（50%），4℃摇晃10 min（EP管插冰上，置水平摇床上），以去除非特异性杂蛋白，降低背景。
8. 4℃，14000 g离心1 5min，将上清转移到一个新的离心管中，去除Protein A珠子。
9． （Bradford 法）做蛋白标准曲线，测定蛋白浓度，测前将总蛋白至少稀释1：10倍以上，以减少细胞裂解液中去垢剂的影响（定量，分装后，可以在-20℃保存一个月）。
10. 用PBS将总蛋白稀释到约1 ug/ul，以降低裂解液中去垢剂的浓度，如果兴趣蛋白在细胞中含量较低，则总蛋白浓度应该稍高（如10 ug/ul）。
11. 加入一定体积的兔抗到500 ul总蛋白中，抗体的稀释比例因兴趣蛋白在不同细胞系中的多少而异。
12. 4℃缓慢摇动抗原抗体混合物过夜或室温2h，激酶或磷酸酯酶活性分析建议用2 h室温孵育。
13. 加入100 ul Protein A琼脂糖珠来捕捉抗原抗体复合物，4℃缓慢摇动抗原抗体混合物过夜或室温1 h，如果所用抗体为鼠抗或鸡抗，建议加2 ul "过渡抗体"（兔抗鼠IgG，兔抗鸡IgG）。
14. 14000 rpm瞬时离心5 s，收集琼脂糖珠-抗原抗体复合物，去上清，用预冷的RIPA buffer洗3遍，800 ul/遍，RIPA buffer有时候会破坏琼脂糖珠-抗原抗体复合物内部的结合，可以使用PBS。
15. 用60 ul 2x上样缓冲液将琼脂糖珠-抗原抗体复合物悬起，轻轻混匀，缓冲液的量依据上样多少的需要而定（60 ul足够上三道）。
16. 将上样样品煮5 min，以游离抗原，抗体，珠子，离心，将上清电泳，收集剩余琼脂糖珠，上清也可以暂时冻-20℃，留待以后电泳，电泳前应再次煮5 min变性。
二、免疫共沉淀反应
1． 转染后24-48 h 可收获细胞，加入适量细胞裂解缓冲液（含蛋白酶抑制剂），冰上裂解30 min, 细胞裂解液于4°C，转速离心30 min后取上清；
2． 取少量裂解液以备Western blot分析，剩余裂解液加1ug相应的抗体加入到细胞裂解液，4°C缓慢摇晃孵育过夜；
3． 取10 ul protein A 琼脂糖珠，用适量裂解缓冲液洗3 次，每次3 000 rpm离心3 min；
4.． 将预处理过的10 ul protein A 琼脂糖珠加入到和抗体孵育过夜的细胞裂解液中4°C缓慢摇晃孵育2-4 h，使抗体与protein A琼脂糖珠偶连；
5． 免疫沉淀反应后，在4°C 以 3000 rpm 速度离心3 min，将琼脂糖珠离心至管底；将上清小心吸去，琼脂糖珠用1 ml裂解缓冲液洗3－4次；*后加入15 ul的2xSDS 上样缓冲液，沸水煮5分钟；
6． SDS-PAGE，Western blotting或质谱仪分析。
三、通过免疫共沉淀确定结合蛋白
1．用磷酸盐缓冲液洗30块10 cm培养板上的适宜细胞。刮去每块板上的细胞到1 ml冰冷的EBC裂解缓冲液中；
2．将每毫升细胞悬液转移到微量离心管中，在微量离心机上4℃以速度离心15 ；
3．收集上清（约30 ml）并加入30 ug的适当抗体，4℃摇动免疫沉淀物1 h；
4．加入0.9 ml的蛋白质A-Sepharose 悬液，4℃摇动免疫沉淀物30 min；
5．用含900 mmol/L NaCl的NETN洗蛋白A-Sepharose混合物，再重复洗5次。*后，用NETN洗一次；
6．吸出混合物的液体部分。加入800 ul的1xSDS胶加样缓冲液到球珠中，煮沸4 min；
7．将样品加入到大孔的不连续SDS-PAGE梯度胶中，在10 mA的恒定电流下电泳过夜；
8．通过考马斯亮蓝染色观察蛋白质泳带；
9．从胶上切下目标带，将其放到微量离心管中，用1 ml 50%乙腈洗两次，每次3 min；
10． 用胰蛋白酶消化胶中的蛋白质，再将肽电洗脱；
11． 通过窄孔高效液相色谱分离肽。将收集的肽在ABI 477A或494A机器上进行自动Edman降解测序。
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注意事项
1. 细胞裂解采用温和的裂解条件，不能破坏细胞内存在的所有蛋白质——蛋白质相互作用，多采用非离子变性剂（NP40 或Triton X-100）。每种细胞的裂解条件是不一样的，通过经验确定。不能用高浓度的变性剂（0.2％SDS），细胞裂解液中要加各种酶抑制剂，如商品化的。
2. 使用明确的抗体，可以将几种抗体共同使用。
3. 使用对照抗体：
单克隆抗体：正常小鼠的IgG或另一类单抗
兔多克隆抗体：正常兔IgG
4. 确保共沉淀的蛋白是由所加入的抗体沉淀得到的，而并非外源非特异蛋白，单克隆抗体的使用有助于避免污染的发生。
5. 要确保抗体的特异性，即在不表达抗原的细胞溶解物中添加抗体后不会引起共沉淀。
6. 确定蛋白间的相互作用是发生在细胞中，而不是由于细胞的溶解才发生的，这需要进行蛋白质的定位来确定。
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其他
一、免疫共沉淀的优点
1. 相互作用的蛋白质都是经翻译后修饰的，处于天然状态。
2. 蛋白的相互作用是在自然状态下进行的，可以避免人为的影响。
3. 可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。
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