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新算法Bonito CRF——可提高single read碱基识别的准确性

发布时间:2021/2/23编辑:Ma Liang 人气:881

  Oxford Nanopore公司近日在用户大会上介绍了其纳米孔测序技术的许多关键进展。具体包括PromethION测序芯片的产量创下新纪录,使用新试剂后原始序列的准确性达到99.1%,以及自动化的样本制备等。

Oxford Nanopore公司近日在用户大会上介绍了其纳米孔测序技术的许多关键进展。具体包括PromethION测序芯片的产量创下新纪录,使用新试剂后原始序列的准确性达到99.1%,以及自动化的样本制备等。

准确性进一步提高

Oxford Nanopore最近发布了一种新的分析算法Bonito CRF,可提高single read碱基识别的准确性。Bonito经过了更大型、更多样化数据集的培训,可以提供更好的性能。利用Bonito CRF,Oxford Nanopore在使用现有测序试剂时获得了98.3%的single read准确性,而它的客户也报告了>98%的single read准确性。

高的single read准确性,自然支持更高的共有序列准确性(即一个分子被多次测序)。在使用优化的分析工具后,包括Guppy/Bonito的碱基识别、Canu/Flye的组装和Medaka的打磨(polishing),R9.4.1芯片的准确性达到Q45,而R10.3芯片达到Q50。同时,变异检出的性能也在改善。30倍覆盖度下的结构变异准确性已达到96%。

此外,利用一种正在开发的测序试剂,Oxford Nanopore近日报告称原始序列的众数准确性达到99.1%(99% = Q20),并通过内部验证数据集进行了验证,其中大部分原始序列高于Q20。

产量创下新高


2020年11月,Oxford Nanopore开始发售在产量和稳定性上经过改进的PromethION测序芯片。有了这些改进,使用48张芯片的单次PromethION运行创下了10 Tb产量的新纪录,较之前的记录提高了25%。在此次运行中,每张测序芯片产量的中位数为208 Gb,相当于30倍覆盖度下的两个人类基因组。

12月,领先的高通量测序服务提供商百迈客报告称,单张PromethION测序芯片R9.4.1获得了178 Gb的高产数据,产量较之前提升近两倍。R10芯片的单张芯片测序数据量也达到了80 Gb。

今年1月,领先的测序服务商诺禾致源(Novogene)在一张PromethION测序芯片上生成了245 Gb纳米孔测序数据,创下了在PromethION平台上进行纳米孔测序的单张芯片最高记录,N50为18.2 kb。

自动化的样本制备

随着在生产规模的环境中使用纳米孔测序的用户数量不断增加,Oxford Nanopore在2020年一直致力于开发自动化的解决方案,方便用户运行大批量样本、开展更大型的项目,或实现日常工作流程的自动化。

Oxford Nanopore与Hamilton公司合作,在其DNA文库制备工作站NGS STAR 96上实现文库制备流程的自动化。合作发布的首个实验方案只需5小时即可制备96个样本,其中手动时间仅为1小时。一次自动化制备可满载两台PromethION 48测序仪,实现经过高度验证的样本制备和高产量测序。

Oxford Nanopore还与Opentrons公司合作,为MinION或GridION用户提供中型实验室自动化方案。Opentrons的自动化液体处理机易于使用,结构紧凑,每天可支持2500份LamPORE快速新冠检测,同样也适用于未来基于PCR扩增的应用。

在小规模方面,VolTRAX自动制备仪也在2020年取得了众多进展,包括开发了可进行PCR的耗材管设计,将与现有的测序和混样建库试剂盒一起推出。

微信号:ayiwangapp17

(来源: 生物通 )

标签:碱基识别,测序试剂,高通量测序

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